VPATH

[Project]
├--[include]-- **.h
├--[src]-- **.cpp
└--Makefile

こんな風な構成の場合Makefileに
VPATH = include src　と書き、CPPFLAGS = -I include を追加して、上のようなMakefileを作れば、ディレクトリを自動で探してくれる。これは要チェックやで。