docker-machineで別ディレクトリを使いたい

docker-machine -s /dir
でいける

$ docker-machine --help
Usage: docker-machine [OPTIONS] COMMAND [arg...]

Create and manage machines running Docker.

Version: 0.12.2, build 9371605

Author:
  Docker Machine Contributors - <https://github.com/docker/machine>

Options:
  --debug, -D                                           Enable debug mode
  --storage-path, -s "/home/hiroyuki/.docker/machine"   Configures storage path [$MACHINE_STORAGE_PATH]

なんかのコマンドと組み合わせるときは export MACHINE_STORAGE_PATH=/dir のように環境変数を定義して実行したほうがいいかも知れない